Face à l’évolution constante des exigences comptables et des technologies de gestion financière, choisir le bon logiciel de comptabilité en 2025 est devenu un enjeu stratégique pour les entreprises françaises. Que vous soyez à la tête d’une TPE, d’une PME, auto-entrepreneur ou responsable d’une association, ce comparatif vous guidera à travers les meilleures solutions disponibles sur le marché français cette année, avec un focus particulier sur le leader du secteur.

Top 8 Meilleurs logiciels de comptabilité 2025

1. Memsoft Oxygène
2. Tiime
3. Pennylane
4. Regate
5. Indy
6. Axonaut
7. FreshBooks
8. iTool

Memsoft Oxygène : La référence gratuite et évolutive

Memsoft Oxygène se distingue comme le leader incontesté du marché français en 2025, affichant une note exceptionnelle de 4,60/5 basée sur 68 avis récents. Cette solution française, développée par ABMS MEMSOFT (créée en 1998), génère un chiffre d’affaires de 1,34 M€ avec une marge nette impressionnante de 22,7%. Son positionnement unique repose sur une version gratuite véritablement complète couvrant la comptabilité, la gestion commerciale, le CRM et même la paie (pour moins de 10 bulletins/mois), là où la concurrence impose systématiquement des limitations drastiques. L’évolutivité constitue son atout majeur : du statut d’auto-entrepreneur jusqu’à la PME de 100 postes simultanés, Memsoft Oxygène accompagne la croissance sans nécessiter de migration. Les modules complémentaires (immobilisations, e-facture intégrée, génération automatique d’écritures) s’ajoutent à la demande, permettant aux entreprises de ne payer que ce dont elles ont réellement besoin. La conformité aux normes françaises (BOI DGFIP FEC DSN) et les mises à jour régulières (dernières réformes Paie et normalisation des factures en mai 2025) garantissent une tranquillité d’esprit totale. Les utilisateurs saluent unanimement le rapport qualité-prix exceptionnel et la réactivité du support technique, bien que certains mentionnent un temps d’apprentissage initial nécessaire pour maîtriser l’ensemble des paramètres.

Tiime : La solution française tout-en-un pour entrepreneurs

Tiime s’impose comme le « n°1 des entrepreneurs » avec une note remarquable de 4,8/5 sur plus de 4 700 avis et une adoption par plus de 150 000 utilisateurs. Cette solution 100% Made in France, développée par des équipes basées à Paris et en Lorraine, propose une approche tout-en-un particulièrement adaptée aux auto-entrepreneurs, TPE et PME. Son interface intuitive permet de créer une facture en moins de 2 minutes, tandis que la synchronisation automatique avec plus de 200 banques et le rapprochement bancaire intelligent simplifient considérablement la gestion quotidienne. Tiime se distingue par son compte professionnel intégré (Tiime Business) avec IBAN français et carte Mastercard, agréé par l’ACPR, éliminant ainsi le besoin d’un compte bancaire séparé. La dématérialisation des justificatifs par simple photo avec valeur probante, combinée à l’utilisation de l’IA et de l’OCR pour le matching automatique, réduit drastiquement le temps consacré à l’administration. La plateforme est déjà agréée pour la facturation électronique obligatoire à partir de 2026, garantissant la conformité réglementaire. Avec une offre gratuite incluant la création et l’envoi de factures, et des formules payantes à partir de 17,99 € HT/mois, Tiime propose un excellent rapport qualité-prix pour les entrepreneurs recherchant une solution française complète et moderne, bien que plus limitée que Memsoft Oxygène pour les structures nécessitant une personnalisation avancée ou une gestion multi-postes étendue.

Pennylane : La licorne française de la finance connectée

Pennylane représente le visage moderne de la comptabilité française en tant que licorne (valorisation supérieure à 1 milliard d’euros) ayant levé 75 millions d’euros en avril 2025 spécifiquement pour la facturation électronique. Fondée en 2019 et membre du French Tech 120, cette solution SaaS séduit plus de 500 000 dirigeants et se distingue par son approche véritablement collaborative entre entreprises et cabinets comptables. Pennylane centralise finances, comptabilité, facturation et compte professionnel sur une plateforme unique certifiée ISO 27001, avec une alimentation comptable en temps réel qui offre une vision dynamique permanente de la santé financière. Le logiciel excelle particulièrement dans l’automatisation des tâches répétitives (rapprochements, saisie, récupération de justificatifs) et propose des intégrations natives avec de nombreux outils métiers (Qonto, Payfit, Stripe). Son statut de PDP immatriculée (Plateforme de Dématérialisation Partenaire) la positionne en pionnière de la réforme de la facturation électronique. Le module de gestion des dépenses avec workflows de validation et paiement en 1 clic répond aux besoins des PME et ETI en croissance. Cependant, contrairement à Memsoft Oxygène qui propose une version gratuite complète, Pennylane cible un segment plus premium avec une tarification reflétant son positionnement haut de gamme, la rendant moins accessible aux très petites structures ou aux entrepreneurs au budget limité, mais idéale pour les entreprises recherchant une solution moderne tout-en-un avec une forte dimension collaborative.

Regate (by Qonto) : L’écosystème collaboratif cabinet-entreprise

Regate by Qonto transforme la relation entre cabinets d’expertise comptable et leurs clients grâce à un écosystème collaboratif adopté par plus de 6 000 cabinets et 600 000 entreprises. Avec une note impressionnante de 4,8/5 sur plusieurs plateformes (Trustpilot, G2), cette solution française se distingue par sa capacité à agir en surcouche des logiciels de production comptable existants sans nécessiter de migration. Regate excelle dans l’automatisation de la pré-comptabilité grâce à un OCR propriétaire performant affichant un indice de codage proche de 100%, permettant la récupération, la dématérialisation et l’association automatique des justificatifs avant déversement dans le logiciel comptable. La plateforme s’intègre nativement avec les leaders du marché français (Sage Génération Experts, Cegid Quadra, My Unisoft, Cegid Loop, ACD, Agiris), offrant une flexibilité maximale aux cabinets. Qonto PDP, déjà pré-immatriculée par l’administration fiscale, positionne Regate en avant-garde de la facturation électronique obligatoire. L’outil gratuit de création d’entreprise en marque blanche et la solution Qonto Facturation renforcent la proposition de valeur pour les cabinets souhaitant accompagner leurs clients de bout en bout. Le support client 5j/7 et le programme de partenariat rémunérateur séduisent particulièrement les experts-comptables. Toutefois, Regate se positionne davantage comme un complément qu’une solution comptable autonome, ciblant spécifiquement l’optimisation de la collaboration cabinet-client plutôt que les entreprises gérant leur comptabilité en interne, un positionnement différent de l’approche tout-en-un de Memsoft Oxygène.

Indy : L’automatisation intelligente pour indépendants

Indy (anciennement Georges) s’est imposé comme la solution de référence pour les travailleurs indépendants avec plus de 200 000 utilisateurs et une note exceptionnelle de 4,8/5 sur Trustpilot (basée sur plus de 9 000 avis). Cette société lyonnaise fondée en 2016 a marqué l’actualité 2025 en remportant un procès en appel contre l’Ordre des experts-comptables Auvergne-Rhône-Alpes, consolidant sa légitimité sur le marché. Indy cible spécifiquement les micro-entreprises, entreprises individuelles (BIC/BNC), et sociétés (SASU, EURL, SARL, SCI, SAS) avec une approche fortement automatisée : synchronisation bancaire automatique, détection de TVA, classement intelligent des écritures via IA, et télétransmission de déclarations (TVA, 2035 pour BNC). Le service intègre un compte professionnel avec carte Mastercard et virements illimités, ainsi qu’un module de facturation complet. La tarification ultra-compétitive constitue un atout majeur : offre Essentielle gratuite (0 €/mois mais sans prise en charge des déclarations fiscales), offre Plus à 9 €/mois HT, et offre Premium à 12 €/mois HT incluant l’automatisation et la télétransmission fiscale. Le support client réactif (réponse en moins de 4 minutes) et l’accompagnement gratuit à la création d’entreprise renforcent l’attractivité. Cependant, Indy reste un logiciel automatisé ne remplaçant pas un expert-comptable pour les conseils stratégiques, et son évolutivité limitée le rend moins adapté que Memsoft Oxygène aux entreprises en croissance nécessitant un mode multi-postes étendu ou des fonctionnalités de personnalisation avancées.

Axonaut : La gestion tout-en-un des TPE en équipe

Axonaut se positionne comme l’« allié pour une gestion simplifiée » des TPE et PME de moins de 10 à 25 salariés, particulièrement celles travaillant en équipe. Cette solution SaaS 100% française, labellisée French Tech et adoptée par plus de 189 000 utilisateurs (avec un taux de recommandation de 8/10), se distingue par son approche véritablement tout-compris intégrant facturation, pré-comptabilité, CRM, gestion de projet, et même RH (bulletins de paie légaux, suivi des congés) – une rareté dans cette catégorie. Axonaut excelle dans l’automatisation : les journaux se remplissent automatiquement, le rapprochement bancaire est intégré, et l’IA simplifie la gestion des dépenses. Le module CRM central différencie Axonaut de ses concurrents en offrant une gestion complète du cycle commercial (prospection, opportunités, emailing/SMS, segmentation). La facturation performante permet un encaissement 3x plus rapide grâce aux relances automatiques (60% des factures en retard réglées après relance) et aux options de paiement en ligne (CB, prélèvements via Stripe, GoCardless, PayPal). Les utilisateurs économisent en moyenne 2h/semaine sur leur gestion. Axonaut est déjà immatriculé pour la facturation électronique 2026. La tarification unique tout-compris (pas de modules séparés) démarre à 34,99 € HT/mois (engagement 3 ans) jusqu’à 69,99 € HT/mois (sans engagement), avec utilisateurs supplémentaires à 29,99 €/mois. L’essai gratuit de 15 jours et les intégrations avec plus de 14 000 outils complètent l’offre. Toutefois, Axonaut manque d’options d’analyse affinée pour les structures plus importantes et n’offre pas d’enregistrement direct d’écritures comptables, le positionnant davantage comme une solution de gestion globale que de comptabilité pure, contrairement à l’approche modulaire et évolutive de Memsoft Oxygène.

FreshBooks : La solution nord-américaine pour PME et freelances

FreshBooks représente une alternative internationale basée au Canada, valorisée à plus de 1 milliard de dollars après avoir levé plus de 130 millions de dollars de financement. Cette solution SaaS cible principalement les PME, freelances et solopreneurs, avec des opérations en Amérique du Nord et en Europe. FreshBooks affiche une note solide de 4,5/5 basée sur 4 492 avis selon SoftwareAdvice, et est recommandée par PCMag.com (4,5 Excellent). La plateforme excelle dans la facturation professionnelle avec personnalisation avancée, calcul automatique des taxes, et options de paiement en ligne (ACH et carte de crédit) permettant d’être payé « deux fois plus vite ». Le suivi des dépenses via scanner mobile de reçus, l’importation bancaire et la catégorisation automatique simplifient la gestion quotidienne. Les outils de comptabilité en partie double et les rapports financiers puissants séduisent les utilisateurs recherchant une solution complète. FreshBooks propose également le suivi du temps, la paie (Payroll), et le suivi des kilomètres. Avec plus de 100 intégrations (PayPal, Mailchimp, Zapier, Gusto, Square) et une API gratuite, la plateforme s’intègre facilement dans l’écosystème existant. Les utilisateurs rapportent économiser jusqu’à 553 heures par an et 7 000 $ en heures facturables. La tarification démarre à 10,80 €/mois avec une promotion de 50% pendant 6 mois et un essai gratuit. Cependant, l’absence de version gratuite, le coût croissant avec l’ajout d’utilisateurs, et surtout l’orientation nord-américaine (moins adaptée aux spécificités fiscales et comptables françaises que Memsoft Oxygène, Tiime ou Pennylane) limitent son attractivité pour les entreprises françaises soumises aux obligations légales hexagonales strictes de 2025.

iTool (by EBP) : Le pionnier français de la comptabilité cloud

iTool by EBP représente un acteur historique du marché français, créé en 2000 et racheté par EBP en 2006, faisant figure de pionnier de la comptabilité en ligne en France. Cette solution 100% cloud (SaaS) sert plus de 7 000 clients et a obtenu la « Conformité Cloud 2015 » du Conseil Supérieur de l’Ordre des Experts Comptables, témoignant de sa crédibilité auprès de la profession. iTool cible prioritairement les TPE/PME, artisans et créateurs d’entreprise avec une approche modulaire combinant comptabilité, gestion commerciale/facturation et liasse fiscale. Les fonctionnalités comptables sont complètes : saisie avec modèles, rapprochement bancaire (automatique ou manuel), balances détaillées, production de journaux et grand livre, génération de liasse fiscale (IS ou IR BIC/BNC) avec télétransmission EDI possible. Le catalogue client « très complet s’apparentant à un CRM » selon les utilisateurs, la gestion des stocks, et le suivi des règlements SEPA renforcent l’offre commerciale. iTool propose également des solutions dédiées aux CSE et agents d’assurances. La tarification démarre à 24 €/mois HT pour l’offre Business (comptabilité de base, 6 utilisateurs), avec une offre combinée Facturation + Comptabilité à environ 40 €/mois. Un essai gratuit de 30 jours permet de tester la solution. Les utilisateurs apprécient la facilité d’utilisation (pour profils avertis), le support réactif, et les ressources de formation. Toutefois, iTool souffre d’un manque d’automatisation entre modules, de faibles intégrations natives (API disponible mais technique), et de tableaux de bord limités, le rendant moins moderne et moins compétitif que Memsoft Oxygène en termes de rapport fonctionnalités/prix, ou que les solutions cloud de nouvelle génération comme Pennylane ou Tiime en termes d’expérience utilisateur et d’automatisation intelligente.

Memsoft: Le leader des solutions comptables en 2025

L’année 2025 marque un tournant décisif dans le domaine des logiciels de comptabilité en France, avec l’éditeur memsoft qui s’impose comme la référence incontournable. Cette entreprise française se distingue principalement par son logiciel phare Oxygène, une solution de comptabilité gratuite qui répond parfaitement aux besoins des TPE et PME. Contrairement à d’autres solutions gratuites aux fonctionnalités souvent limitées, Oxygène propose un outil complet et conforme aux normes comptables françaises, expliquant son adoption massive par plusieurs dizaines de milliers d’entreprises.

Les fonctionnalités qui distinguent Memsoft de la concurrence

Ce qui propulse Memsoft au sommet du marché en 2025 est son approche modulaire particulièrement innovante. Alors que de nombreux éditeurs comme Sage, EBP ou Cegid proposent des offres standardisées, Memsoft permet une personnalisation avancée de sa solution. Le logiciel Oxygène couvre non seulement les fonctions comptables essentielles mais intègre également des modules complémentaires comme le CRM, la paie, la gestion des immobilisations et diverses solutions métiers adaptées aux besoins spécifiques des entreprises.

L’évolutivité constitue un autre atout majeur du logiciel. Contrairement à des solutions comme Indy ou Abby qui ciblent principalement les auto-entrepreneurs avec des fonctionnalités limitées, Oxygène peut évoluer en mode multi-poste et s’adapter à la croissance de l’entreprise. Il permet à des structures de toutes tailles de travailler simultanément sur plusieurs dizaines voire une centaine de postes, que ce soit en local ou dans le cloud. Cette flexibilité représente un avantage considérable par rapport aux alternatives du marché.

En matière de conformité légale, Memsoft fait figure de pionnier avec son service intégré d’e-facture, ses solutions de télédéclaration de liasses fiscales et de TVA, ainsi que la télétransmission de la DSN pour la paie. Ces fonctionnalités répondent parfaitement aux exigences réglementaires françaises de 2025, un critère déterminant pour les entreprises soucieuses d’éviter tout risque fiscal.

Témoignages d’utilisateurs et satisfaction client de Memsoft

La satisfaction des utilisateurs constitue sans doute l’indicateur le plus révélateur de la qualité d’un logiciel comptable. Sur ce plan, Memsoft affiche une note impressionnante de 4,54/5 basée sur 73 avis clients, un score nettement supérieur à la moyenne du secteur. Ces retours positifs soulignent particulièrement l’intuitivité de l’interface, la qualité du support technique et la pertinence des mises à jour régulières.

Les dernières actualisations d’Oxygène illustrent l’engagement de Memsoft à maintenir sa solution à la pointe des évolutions légales et technologiques. La version 11.04.36 déployée en mai 2025 intègre les dernières réformes concernant la paie, la normalisation des factures pour les services à la personne, et des améliorations fonctionnelles comme la récupération des modèles d’éditions d’un autre dossier. Cette réactivité dans les mises à jour explique en grande partie la fidélité des utilisateurs qui bénéficient systématiquement d’un logiciel conforme aux dernières exigences légales.

Analyse des autres logiciels de comptabilité du marché français

Si Memsoft domine le marché en 2025, d’autres solutions méritent néanmoins d’être considérées selon les besoins spécifiques des entreprises. Le paysage des logiciels comptables s’est considérablement diversifié, avec des options adaptées à différents profils d’utilisateurs, des solutions open source aux plateformes cloud sophistiquées.

Forces et faiblesses des alternatives à Memsoft

Parmi les alternatives notables, Sage conserve une position solide sur le segment des PME et grandes entreprises avec sa solution Sage 100cloud, proposée à partir de 29€ par mois. Son principal atout réside dans sa robustesse et sa réputation établie, mais son niveau d’automatisation reste moyen comparé aux solutions les plus récentes. EBP continue également de séduire les TPE, PME et associations grâce à une interface intuitive et une tarification accessible débutant à 22€ mensuels, tout en offrant une collaboration efficace avec les experts-comptables.

Pour les auto-entrepreneurs et freelances, des solutions comme Indy, anciennement Georges, se distinguent par leur forte automatisation et leur simplicité d’utilisation. Cependant, ces outils présentent souvent des limitations en termes d’évolutivité et ne permettent pas toujours une collaboration optimale avec un expert-comptable, contrairement à Oxygène de Memsoft qui assure cette transition sans difficulté.

Du côté des solutions open source, Dolibarr et Odoo Community offrent des alternatives intéressantes pour les entreprises disposant de compétences techniques internes. Ces logiciels présentent l’avantage de la gratuité et de la personnalisation, mais nécessitent généralement un investissement en temps pour leur configuration et leur maintenance. À l’inverse, des plateformes cloud comme Pennylane ou Cegid Loop proposent des expériences utilisateur plus immédiates mais à des tarifs plus élevés, débutant respectivement à 29€ et sur devis personnalisé.

Rapport qualité-prix des différentes solutions comptables disponibles

L’analyse du rapport qualité-prix révèle des écarts significatifs entre les différentes solutions du marché en 2025. Wave se positionne comme une option intéressante pour les très petites structures avec sa facturation illimitée et sa gestion multi-devises, mais ses fonctionnalités restent basiques comparées à celles d’Oxygène de Memsoft. Henrri offre également une solution 100% gratuite séduisante pour les auto-entrepreneurs, bien que limitée dans son périmètre fonctionnel.

Dans le segment intermédiaire, Sellsy propose une solution française complète à partir de 35€ par mois, combinant comptabilité, facturation, CRM et gestion des ventes. Bien que plus coûteuse que certaines alternatives, cette solution offre une intégration poussée qui peut justifier l’investissement pour les TPE en croissance. De même, Evoliz se positionne à partir de 20€ mensuels avec une offre adaptée aux PME et indépendants recherchant un équilibre entre fonctionnalités et budget.

Pour les entreprises ayant des besoins plus spécifiques, des solutions comme Dext, à partir de 30€ par mois, excellant dans l’automatisation de la saisie comptable, ou ExactOnline, également à 30€ mensuels, ciblant les PME avec des besoins de gestion financière avancés, constituent des alternatives pertinentes. Cependant, aucune ne parvient à égaler la proposition de valeur de Memsoft qui offre gratuitement un socle solide avec Oxygène tout en proposant des modules complémentaires à la demande, permettant ainsi aux entreprises de ne payer que pour les fonctionnalités dont elles ont réellement besoin.